Som overlæge på Rigshospitalets klinik for plastikkirurgi og brandsårsbehandling har Jens Jørgen haft ansvaret for mikrokirurgiske rekonstruktioner og almen Plastikkirurgi gennem 18 år. Hovedinteressen har været brystrekonstruktion og brystkorrektion, hvor han er en af Europas førende eksperter med erfaring inden for alle typer af indgreb. Jens Jørgen indførte i 1993 brystrekonstruktion med mikrokirurgisk teknik på Rigshospitalet og i hans tid som ansvarlig er der alene af denne type indgreb udført mere end 700.

Mikrokirurgisk teknik anvendes indenfor en række forskellige områder i plastikkirurgien. Teknikken går ud på at væv fra andre dele af kroppen flyttes til det område, som ønskes rekonstrueret ved at blodforsyningen genskabes med sammensyning af blodkar under mikroskop. Som andre eksempler, hvor mikrokirurgi spiller en vigtig rolle kan nævnes kræft i ansigt og mundhule, hvor knogle og hud fra underbenet kan anvendes til at rekonstruere en ny underkæbe.

Hos børn med kræft i de lange rørknogler kan man med den mikrokirurgiske teknik nogle gange undgå amputation ved at genskabe den fjernede knogle ved at flytte en knogle f.eks fra underbenet til overarmen. Ansigtslammelser er et andet af Jens Jørgens ekspertområder. Disse patienter kan hjælpes på mange måder fra små korrektioner omkring øjnene til genskabelse af ansigtets bevægelighed ved flytning af en muskel fra benet til kinden med mikrokirurgisk teknik.

Mikrokirurgien anvendes desuden ved større skader efter ulykker, hvor teknikken ofte medvirker til at redde førligheden for patienten.