Sideløbende med sin ansættelse som overlæge på Rigshospitalet har Jens Jørgen siden 1997 varetaget kosmetisk plastikkirurgi på Frederiksborg Klinikken i Hørsholm og på Aleris-Hamlets privathospital i Esbjerg. 1. september 2012 åbnede Jens Jørgen en stor ny Plastikkirurgisk Klinik “Amalieklinikken” i København. Med Jens Jørgens enorme erfaring fra sit arbejde som overlæge på Rigshospitalet og 20 års arbejde med kosmetisk kirurgi i både Esbjerg og Hørsholm er Amalieklinikken hurtigt blevet førende i Danmark og tilbyder al form for kosmetisk plastikkirurgi på et højt internationalt niveau. Amalieklinikken ejes og drives i dag af Jens Jørgen og Overlæge Rolf Holm Knudsen. Rolf har en lang karriere som overlæge i anæstesiologi på Rigshospitalet og ligeledes mange års erfaring fra privat plastikkirurgisk klinik, hvor han har bedøvet for Jens Jørgen.

Jens Jørgen har gennem alle årene været meget aktiv i forskning indenfor plastikkirurgiske emner, primært indenfor brystkirurgi og mikrokirurgi og senest deltager han i et større forskningprojekt omkring brugen af patientens eget fedtvæv kombineret med stamceller til forstørrelse eller rekonstruktion af bryster. Se publikationer.

Jens Jørgen har de sidste to år været formand for Dansk Selskab for Kosmetisk Plastikkirurgi (DSKP) www.dskp.dk

Jens Jørgen er meget brugt som international underviser og foredragsholder og har gennem sit internationale arbejde senest som præsident for den Europæiske sammenslutning af Plastikkirurger (EBOPRAS) en stor international berøringsflade med kollegaer i andre lande.